第三世代的宝可梦在《宝可梦朱/紫》有了些许改动：雨天队的大将大嘴鸥不再会清除迷雾；诅咒娃娃学会了剑舞；在固拉多和盖欧卡十分强力的情况下，裂空座一直没有在对战中有好的表现，本作学会了急速折返和隐形岩；其余改动请到页面内查看详情。

宝可梦朱紫第三世代习得技能变化

大嘴鸥失去了除雾和热水、剧毒

沙奈朵获得了波导弹，失去交换场地、自我再生、冷冻光束

斗笠菇获得了近战和垃圾射击

铁掌力士获得了吸取拳和突飞猛扑

勾魂眼获得了亿万吸收

梦歌仙人掌获得了毒棱、挖洞

恰雷姆获得了下压踢和起草、近战

噗噗猪获得了诡计、魔法闪耀、大地之力

吞食兽获得了大快朵颐、剑舞、毒棱

猫鼬斩获得了腹鼓、高速移动

诅咒娃娃获得了剑舞

雨翅蛾获得了暴风

热带龙获得了暴风和急速折返

古拉顿失去了高温重压，获得了咬碎、地钉、鬼火、扑击、盐石爆破

裂空座获得了急速折返和隐形岩、疯狂伏特

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